Több bírálat érte amiatt Őszentségét, hogy megpróbálta eltitkolni az elmúlt hetekben kirobbant botrányt Németországban. A vád szerint több mint 100 fiú vált szexuális erőszak áldozatává.
Vatikán város feljelentést tett ismeretlen tettes ellen, mert valakik XVI. Benedek pápa nevét összefüggésbe hozták a Németországban elkövetett pedofil bűncselekményekkel.Őszentsége elutasítja azokat a vádakat, miszerint megpróbálta megakadályozni, hogy a püspökök jelentsék a visszaéléseket.
A Vatikán kampányt indított, hogy megvédje a pápa hírnevét, és megmutassa, hogy XVI. Benedek mindent megtesz, hogy megakadályozza a hasonló bűncselekményeket.
Az egyházfőt amiatt is támadás érte, hogy még 2001-ben kiadott egy egyházi iránymutatást amelyben arra utasította a püspököket, hogy a visszaélési ügyeket kezeljék bizalmasan. Németország igazságügyi minisztere ezt a direktívát okolja azért, amiért eddig még nem sikerült megtörni a csönd falát.
Walter Kasper, a Vatikán rangidős bíborosa az esetek teljes kivizsgálását, az áldozatok kártalanítását, továbbá a tettesek bíróság elé állítását követelte. Az elmúlt hetekben számos olyan tény került napvilágra, mely arra utal, hogy katolikus iskolákban paptanárok szexuális visszaéléseket követtek el diákok ellen. Az első ilyen jellegű botrányra a berlini katolikus elitiskolának számító, Canisius gimnáziumban derült fény. A hivatalos vizsgálat szerint az egyházi iskolákban 100-nál jóval több diákon követtek el szexuális erőszakot.
Egy amerikai szervezet, mely a papok áldozatainak a megsegítésére alakult, arra kérte az embereket, hogy a hétvégén gyújtsanak gyertyákat a templomok előtt, és helyezzenek ki gyerekfotókat. Az Amerikai német konzulátus előtt szintén megemlékezést tartottak. „Túlélők Szövetsége” felszólította az embereket, hogy ha visszaélésre utaló információik vannak ne a papokat, hanem a rendőrséget hívják. Az ügyek száma mintegy 3000-re tehető, míg az egyházban papság száma összesen 400.000 ezer főt.
A botrány mindenestre már a pápa testvérét, Georg Ratzingert is elérte. Thomas Mayer azt nyilatkozta a Spiegelnek, hogy megerőszakolták, amikor a regensburgi kórusban énekelt 1992-ben. Georg Ratzinger, a pápa testvére 1964-1994-ig állt a kórus élén. A korábban nyilvánosságra hozott esetek az ötvenes évek végéig nyúlnak vissza, de állítása szerint nem tudott a bűncselekményekről.
Mayer elmondása szerint idősebb tanulók erőszakolták meg. A fiúkat arra kényszeríttették, hogy egymással éljenek szexuális életet egy prefektus házában, a bentlakásos iskola mellett. A regensburgi egyházmegye megtagadta a nyilatkozatot.
A német főpap bejelentette: egy "különleges megbízatású" püspököt jelölt ki a németországi szexuális visszaélési és molesztálási esetek kezelésére és meg fogják akadályozni, hogy ilyen többé ne fordulhasson elő.